L’influsso delle opere di Averroè, o almeno dei commentari ad Aristotele, nelle Università del Medioevo latino fu profondo e diffuso. Si ebbero due ondate di “averroismo”: la prima del XIII-XIV secolo, la seconda tra la fine del XV e la metà del XVI secolo. Il centro della prima ondata di averroismo fu l’Università di Parigi, anche se già Alberto di Colonia, maestro di Tommaso d’Aquino, aveva ampiamente utilizzati gli scritti di Averroè. A Parigi lavorarono molti professori e filosofi, tra cui emergono Sigieri di Brabante (che Dante colloca addirittura in Paradiso) e Boezio di Dacia, che condivisero tesi “averroiste”, soprattutto quella dell’unicità dell’intelletto possibile, ma anche quella dell’eternità del mondo. Averroista fu anche l’intimo amico di Dante e grande poeta (in fama di eresia ed ateismo) Guido Cavalcanti, e lo stesso Alighieri non fu immune da retaggi “arabi” nella sua concezione cosmologica e in quella politica. In generale si può dire che l’averroismo universitario fu importante per quanto conferì grande importanza al ragionamento razionale e alle ricerche di filosofia naturale, ma anche per quanto fece prendere coscienza ai professori universitari del loro ruolo di intellettuali. Oltre all’unicità dell’intelletto possibile, infatti, una dottrina derivata da Averroè, anche se da lui enunciata in modo non sistematico, che ebbe grande successo, fu quella della cosiddetta “felicità mentale”. Il filosofo, che è uomo nel senso più pieno del termine, realizza pienamente se stesso e diventa pienamente felice conseguendo la perfezione intellettuale in connessione con le sfere celesti, a loro volta mosse da Intelligenze angeliche. L’aspetto problematico di questa dottrina consisteva nel fatto che sottintendeva la possibilità di essere felici e moralmente perfetti a prescindere dalla rivelazione cristiana e senza attendere l’altro mondo e le gioie paradisiache. La felicità mentale come l’eternità del mondo (che negava l’onnipotenza di Dio) e l’unicità dell’intelletto possibile (che negava la sopravvivenza immortale delle singole anime individuali) costituiva una vera sfida per l’ortodossia ecclesiastica. Fu così che i professori “averroisti” incorsero nella condanna. Il vescovo di Parigi Stefano Tempier, nel 1277, mise all’indice come eretiche 219 proposizioni “averroiste” (ma alcune anche riconducibili al santo Tommaso d’Aquino!) con l’accusa che i filosofi consideravano la verità razionale più vera di quella religiosa ed autosufficiente. La condanna di Tempier è stata un avvenimento fondamentale della storia culturale del Medioevo ed è stata variamente interpretata. Alcuni hanno sostenuto che essa avrebbe messo in crisi la concezione aristotelico-araba dell’universo aprendo la via alla rivoluzione scientifica. Altri hanno invece sostenuto che fu un atto di prevaricazione oscurantista e che, anzi, proprio l’averroismo, così tanto bistrattato, può essere considerato tra le radici della rivoluzione scientifica.
In ogni caso, la condanna e il successivo periodo umanista (tra Trecento e Quattrocento) che respinse e negò l’eredità arabo-islamica in nome di un ritorno ai classici greci e latini della filosofia e della scienza, condussero a una eclissi dell’averroismo. Questo però ritornò in auge, sempre nelle Università, e soprattutto in quelle di Padova e Bologna (senza dimenticare Pavia), negli ultimi decenni del Quattrocento e nella prima metà del Cinquecento. In questi anni lavorarono professori come Nicoletto Vernia e Agostino Nifo che in gioventù fecero professione di razionalismo “averroista”, ma che in vecchiaia (ci fu un’altra condanna, nel 1489, da parte del vescovo di Padova Barozzi) si pentirono e negarono di aver mai sostenuto, tra le altre cose, l’unicità dell’intelletto. Un dato di fatto è che, proprio agli inizi del Cinquecento, le opere di Aristotele vennero per la prima volta stampate (l’arte della stampa era appena stata inventata), ma non da sole bensì con i commentari di Averroè, conoscendo larghissima diffusione nel mondo colto. D’altra parte, prestigiosi insegnanti come il celebre Pietro Pomponazzi facevano nascostamente professione di “averroismo”. Pomponazzi non accettava l’unicità dell’intelletto possibile, ma si serviva di Averroè per sostenere che la vera scienza era la filosofia e che la religione era buona solo per gli ignoranti. Una posizione “atea” che veniva fatta risalire ad Averroè, il quale però non si era mai sognato di sostenerla. Di fatto, il pensiero di Averroè subì progressivamente un processo di deformazione per cui quello che era stato un giurista e un pensatore profondamente credente e musulmano divenne il maestro della miscredenza e dell’eresia.